根据中国现行增值税政策，ETC充值阶段取得的发票（无论形式），是不能直接用于抵扣进项税额的。原因和具体规定如下：

政策依据：

主要依据是《财政部 税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》（财税〔2017〕90号）第七条的规定。 

该条规定：“自2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费，按照以下规定抵扣进项税额：纳税人支付的道路通行费，按照收费公路通行费增值税电子普通发票上注明的增值税额抵扣进项税额。”

为什么充值发票不能抵扣？

预付款性质：ETC充值相当于将一笔钱预存到您的ETC账户，此时您还没有实际发生通行消费行为。预付款充值环节开具的发票，是付款凭证，不是实际通行服务的消费凭证。 

增值税抵扣原理：增值税进项税额的抵扣是基于实际发生的应税行为和取得的合法扣税凭证。通行服务的应税行为是在您实际通行高速公路后才发生的。 

什么样的发票可以抵扣？

能够抵扣进项税的发票是您实际通行高速公路后，通过ETC系统扣款后获取的发票。这类发票现在是增值税电子普通发票。 

发票左上角会明确标注“通行费”字样。 

税率栏通常显示为 “征税”（通常按“3%征收率”计算可抵扣税额）。 

这种发票上会单独注明本次通行费对应的增值税额。 

具体操作和抵扣方法：

您向ETC账户充值。 

使用ETC实际通行高速公路。 

通行扣费后，根据ETC发行方或平台的规则（通常可在相关APP或小程序中申请开具），获取本次或多次通行记录的通行费增值税电子普通发票。 

取得这张通行费电子发票（带税额）后，符合税法规定的（用于生产经营相关的通行），即可凭发票上注明的增值税额在纳税申报时进行进项税额抵扣。 

区分清楚两类发票：

充值发票（预存发票）：抬头通常是“预付卡销售”或类似描述，发票内容为“充值”、“预存通行费”等，没有注明增值税额或税率是0%或不征税。不可抵扣进项税。 

通行费消费发票（扣款发票）：抬头明确为“通行费”，开具内容为“车辆通行费”或具体路段通行明细，发票上明确注明金额和税额（或征收率）。可凭税额抵扣进项税。 

总结：

ETC充值环节取得的发票（无论电子还是纸质），属于预付款凭证，根据财税〔2017〕90号规定，是不能作为抵扣增值税进项税额的凭据的。

您需要在实际发生通行行为后，开具并取得左上角标注“通行费”字样的增值税电子普通发票（该发票上会单独注明本次通行费的增值税额），才可以将该注明的税额用于增值税进项税额抵扣。务必区分清楚“充值发票”和实际“通行费电子发票”。