增值税发票的保管非常重要，因为它是纳税人向国家缴纳税款或者从国家领取税款退还的主要凭证。以下是针对增值税发票使用保管不当的一些处理方法：

保管不当导致发票丢失的处理

如果由于保管不当导致增值税发票丢失，需要及时向税务部门报备或者挂失。同时，要做好防伪工作，如发现伪造票据，要及时向税务机关或者警务部门报案，确保企业的合法权益。

发票管理员的职责

完全未使用的增值税发票应由发票管理员保管，并且必须锁入保险柜内。开具的存根联应当按顺序装订，每50份装订一本（具体多少份要根据公司的规定而定），在每本前打印开具汇总表，加盖封面后装订成册，编号后在一定时间段后存档。按照规定，一般纳税人必须将经税务机关认证相符、用于抵扣进项税额的增值税专用发票作为记账凭证进入账务处理，不得擅自退还给销售方，并按规定将税款抵扣联装订成册，进行妥善保管，保管期限为5年，保存期满后报经主管国税机关查验之后销毁。

发票的分类存储和防潮防鼠

收集到的票据可以根据时间、销售种类、交易对象等进行分类，将它们分别存储在不同的文件夹里。这样方便查找和统计税款，提升企业的管理效率。在存放票据时需要选择防潮、防鼠、防火的地方，遵循防潮防鼠等基本保管原则。及时检查票据的存储环境，如有湿热，应及时进行调整，以免纸张吸湿导致票据损坏。

发票的备份复印

要将增值税专用发票及时备份，加上时间戳，存储在安全的地方，以备不时之需。入账证明、退税申请等重要税务文件也需要复印，以备日后需要使用时，便于查询。

综上所述，对于增值税发票的保管不当，企业应当及时采取相应的补救措施，并且加强内部管理，防止类似情况再次发生。同时，企业也应该了解相关的法律法规，以便在遇到问题时能够正确应对。